行政院長賴清德25日在立法院就治水機制進行專案報告並備詢時，指國民黨主席吳敦義任高雄市長時「逢雨必淹」，引起吳敦義不滿，回嗆「賴三寶」，並說賴清德任台南市長時，洗腎率全國第一、登革熱染病與死亡人數全國最多、市內連同高雄市天坑有7千多個。對此，台南市政府26日回應及澄清。
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台南市政府表示，台南市洗腎人數全國第一，應是吳敦義的誤解，相關數據只可看出在台南洗腎中心的患者人數較多，其實突顯出台南市在腎臟病方面，相對醫療資源較其他縣市豐富，洗腎中心也較多，鄰近縣市的患者都會選擇至台南就醫，不適合以舊的、且不當歸納的統計數據誤導民眾。
南市府指出，多年來，市府團隊與各醫療機構，每年共同辦理愛腎月宣導活動、針對行動醫院腎臟病前期進行衛教及轉介、輔導醫療院所加入初期慢性腎臟醫療給付改善方案、以及提升本市糖尿病照護率延緩腎臟病變的併發症。無論是病症的發生率或盛行率，都逐年下降，106年標準化死亡率為每10萬人口12.2低於全國平均的12.4，均顯示出市府對慢性腎臟病的防治成效。
針對登革熱，南市府則說，因南部地區天候炎熱，一直是登革熱好發區域，南市府積極與產官學界合作，藉由資通訊科技，建置疫情地理資訊系統；也結合大數據分析，擬定相關防治策略，同時讓民眾可運用手機App搜尋哪裡有抗原快速診斷試劑的診所，並即時通報髒亂點，從105年以來，台南市登革熱疫情大幅減少，甚至在106年創下20年來零本土病例成果的「台南經驗」。
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而有關823連續豪大雨造成台南道路出現2000多處大小坑洞，南市府強調，因路面老舊裂縫受到豪大雨衝擊，造成路面坑洞，較小的破洞，市府已在第一時間全面緊急修補，待天氣轉好再重新舖設AC。若是管線老舊破裂造成地面基礎掏空而產生較大坑洞，為維護民眾安全，市府均於接獲通報後立即趕往現場，先做好交維管制，同時邀集水利、管線等相關單位現場會勘、開挖確認原因，由工務局動員全力鋪補。
南市府再次強調，無論塌陷原因是道路路齡已久，或地底老舊箱涵及維生管線破損所致，市府皆概括承受，將針對37區道路全面清查體檢，對民眾的用路安全負起責任。