台南市議員林燕祝12日議會總質詢時，質疑台南市政府辦理台南市立醫院續約黑幕重重，台南市政府讓利金額高達三億元，且不需興建腫瘤大樓，直指市府圖利市醫，並請主席將全案送檢調單位深入調查。市府回應，此為不實指控，已嚴重傷害市府的名譽，議員將毫無關聯性的議題串在一起，企圖混淆社會視聽，實在不厚道。
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林燕祝指出，台南市政府以促參條例跟秀傳集團簽約，委託其經營台南市立醫院，合約期滿，台南市政府又跟秀傳集團續約九年，新約從107年起到116年六月止，依然採不利於市庫營收的稅前盈餘來計算。為了這次續約，衛生局請鼎汗國際工程顧問公司對市醫委託經營暨整建契約重新議約醫療救助金提出建議方案，共提出四次方案，前三個方案都是以台南市醫105年度『總營業收入』來計算，因為市醫不滿意才提出第四個方案，是以最讓利的「稅前盈餘」作為計算。
林燕祝強調，前三個方案是利於台南市庫營收的，因為採「總營業收入」，但市府卻採最讓利的稅前盈餘2650萬元最差方案來計算，還免除其興建腫瘤大樓的責任，中央公共工程委員會一度不同意，要求其退回促參獎金，但不知何因，公共工程委員會最後也退一步。
南市府澄清，續約有保底2,650萬，不會因為總營收降低而影響到最基本的政府收入，可謂比原約更有保障。此外，該案於促參招商公告時，就沒有腫瘤大樓，所以根本就與此議約無關，也無議員所謂讓利三億。
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台南市立醫院的委託經營合約於今（107）年6月30日屆滿，秀傳醫療社團法人依據原契約向市府遞送申請優先續約文件，經營運績效評估認定符合續約資格，雙方於 107年6月19日簽訂續約，續約經營期間9年。衛生局表示，續約方案均為全台南市民牟取最大利益來考量，議員毫無證據的指控，嚴重傷害市府名譽。
其中，針對腫瘤大樓乙案，市府澄清原契約中未規定要興建腫瘤大樓，而是以鼓勵的性質定之，代理市長李孟諺也強調，續約本是要依照原合約的條款及精神，原合約中本就沒規定秀傳一定要興建腫瘤大樓，市府和秀傳醫療法人雙方於107年6月16日完成簽約，均符合續約前之原約所要求之時程，以及促參法相關法規的規定，原招商公告並沒有納入腫瘤中心。