國民黨立院黨團指控前行政院副院長吳榮義擔任台杉公司董事長期間，迴避主管機關及立法院的監督，且還在支領公務員月退休金，尤其工研院投資台杉公司時仍迴避監督，國民黨團10日前往台北地檢署告發經濟部與工研院背信違法。工研院今（11）日表示，「台杉案」與工研院決策無關，因為沒有參與，所以沒涉及背信。
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工研院聲明指出，「創新工業技術移轉股份有限公司」為工研院自有資金成立之子公司，是國內第一家兼具技術移轉與創投服務概念的機構；是整合技術、資金、人才與管理等資源，協助將技術能量擴散至民間，落實技術自主能力產業化，協助台灣產業升級。
工研院指出，創新公司為獨立自主營運公司，有獨立董監事會，投資評估過程由該公司審核程序辦理。創新公司投資「台杉案」與工研院決策無關，派任台杉公司董事也須由創新公司決定，工研院沒有參與，故無涉及背信，至盼社會各界尊重瞭解，以利產業發展。