近來為了第一果菜批發市場改建案，台北農產運銷公司總經理吳音寧和台北市政府的關係可說是劍拔弩張，對此農委會主委林聰賢表示，基於公股投資的立場，北農到議會接受備詢顯然是必要的，但他希望不要把吳音寧當成「政治提款機」，同時也透露，陳景峻作為台北市副市長又兼任北農董事長，雙方協調「應該暢通無阻」才對，不解為何現今局面如此。
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第 6 次全國農業會議今（ 7 ）日上午在台北國際中心舉行，林聰賢出席開幕典禮致詞，會後對於吳音寧與台北市政府之間的摩擦，他認為雙方在市場改建案上意見相左是好事，重點在於該如何有效協調。吳音寧站在盤商、農民直銷的整個維運系統方向，市政府則站在整體面，包括都市交通及資產營運開發的面向，而農委會則是監督、輔導的角色。
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此外，林聰賢感到不解，陳景竣身為台北市副市長，又是北農董事長，是雙方溝通協調的平台，兩方交流應該暢行無阻才對。對於吳音寧在議會或是市政府會議上的表現，林聰賢指出，執行工作層面應將政治元素及考量排除「合乎她當一個總經理必要的任務承擔」，後續再由他人協調幫忙。
吳音寧則在今日下午 2 時在臉書上發文表示，政治是眾人之事，但她不是候選人，不會是選戰的工具「更不希望成為誰的政治提款機」。認為攸關農產運銷的重大公共建設，議題的討論沒有體制內外的問題，集思廣益才能夠研擬出更好的方案。另外，她透露下週一（ 10 日）會去市府的雙首長會議講述公司的需求建議。