台北市政府有意買下農委會持有的北農股權，以便事權統一，但農委會副主委陳吉仲反要北市府成全農委會，將市府的北農股分賣給農委會，以達三贏局面。對此，台北市長柯文哲今（27）日表示，「難道農委會要買下全台灣的農產公司？每個縣市都有農產公司，它是打算全部買去嗎？我不曉得。」
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對於陳吉仲指稱，北市府改建第一果菜批發市場，改建案耗時長達7年，營業量還可能減少1/3，此項改建案對北農的政策任務值得檢討審視，柯文哲不滿說，「若農委會認為批發市場不用改建就講啊，這個時代批評人家都很容易，不然你講你的方案是什麼？若農委會認為台北市批發市場不應改建，你要講你的方法是什麼。」
柯文哲還補一句說，「他（陳吉仲）連（北農總經理）吳音寧都搞不定了，他（陳）的能力我看也是......哼。」
談到吳音寧，媒體追問，繼吳音寧本會期拒赴市議會備詢惹議後，日前北農因遲交台北市議員索資，而遭市府市場處依契約開罰115萬元，但北農認為開罰於法無據，擬循行政程序提起訴訟。柯文哲說，「這就是紛擾，北農用的批發市場、停車場，用的是台北市政的資產，如果把它收回，北農要怎麼營業？」
柯文哲表示，有時議員問政兇猛，不要說是作秀啦，就是一種政治攻防，問題是台灣的社會就是這樣，再不喜歡也要應付一下。
柯文哲說，「能夠赴議會與議員應答，是必需要有的能力，這個社會就是這樣，不喜歡也沒辦法。」
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柯文哲並說，連議長吳碧珠都講話了，議長平常還算中立，連議長都說，「對啦，你法律上是可以不來，但潛規則或慣例還是要來，議會是這樣，因此不論喜不喜歡，還是要有能力處理。」
柯文哲強調，北農總經理是農委會陳吉仲堅持的人選，「農委會就要出來處理。」