行政院長賴清德今（ 12 ）日宣布內閣改組名單，其中法務部長邱太三卸任，受總統蔡英文聘請任國家安全會議諮詢委員。外傳邱太三因不執行死刑、得罪前總統陳水扁兩大關鍵被迫下台，對此，他表示自己沒有政治色彩，「政務官處理政策必須審慎，不會因為是民進黨的主張而刻意配合」。
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綜合媒體報導，邱太三對處理死刑問題，不僅以「軟釘子回應」，法務部也未提出具體方法；此外，陳水扁保外就醫後爭議不斷，他更三番兩次出言警告阿扁「不要太過分」，引發深綠人士及阿扁支持者不滿。外傳蔡政府考量到年底大選即將到來，綜合上述因素及避免阿扁再拖後腿，只好加速內閣改組，換下邱太三。
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對此，邱太三表示，小燈泡案凶嫌王景玉逃過死刑，即使引發社會譁然，也不應在民意催促下倉促決定執行死刑，強調「如果要執行死刑，就應該走完程序」。至於是否「得罪阿扁」？他則無奈回應「我就是得罪阿扁」，指出自己並沒有政治色彩，政務官處理政策必須審慎，不會因為是民進黨的主張而刻意配合。
另外，邱太三也說，離開任何工作都不是多困難的事情，貢獻到一個段落，若有人可以接手，反而可以輕鬆一下。對於是否出任諮詢委員，他坦言，還是希望回學校教書， 「不過菊姐（陳菊）來勾勾纏，做小弟的只能先耍賴」，目前還沒有明確結論。提到調查局長蔡清祥將接任法務部長，他則說「蔡清祥是很適當的人選。」