國民黨新竹縣選情複雜，中常會決議取消全民調，讓前總統馬英九呼籲黨中央應該尊重制度，被認為是與黨中央唱反調。國民黨主席吳敦義今（8）日受訪時表示，「我知道他說了那些話，我們會依照國民黨最高權力機構中常會的決議，來做處理。」
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國民黨中常會日前通過決議，取消初選全民調制度，授權黨中央提名小組在新竹縣長提名時，可以透過徵召或開放選舉的方式，產生候選人，不過消息一出黨內譁然，青壯派立委、兩位前主席馬英九與洪秀柱紛紛跳出來希望黨中央能夠尊重制度。
國民黨副主席兼祕書長曾永權日前曾向馬英九說明新竹縣長提名狀況，但馬英九仍希望黨內初選依制度走，才能彌平爭議，也符合社會期待。
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吳敦義說，全體中常委在中常會一致通過，採取最能夠挑選受歡迎、信任與最有機會的候選人，黨會廣泛徵詢議員、鄉鎮市長、代表會等等意見，找出最能勝選，最忠於國民黨、終於中華民國的人選。
吳敦義舉金門縣長協調的案例說，國民黨基本上是能協調就協調，金門縣也是在兩位優秀的人選中做選擇，最後決定徵召立委楊鎮浯。