位於旗山溪的甲仙攔河堰是南化水庫蓄水的主要來源，但每年11月到隔年5月枯水期間，甲仙攔河堰會優先保留給下游農業用水使用，剩餘的水量才引入南化水庫，南區水資源局為穩定南部地區供水，去年8月開始協調高雄水利會與台水公司合作，極力維持南化水庫於高水位，進入枯水期後並積極與水利會協調，透過節約灌溉水量，保留旗山溪水源供南化水庫蓄存，統計引水量約5600萬噸，是水利署達成台南地區抗旱目標的關鍵措施。
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南區水資源局表示，由於近3周南部地區異常高溫，幾無降雨，旗山溪河川流量持續降低之際，為即時掌握及引取河川水源進入南化水庫的時機，日前並再拜會高雄農田水利會會長，除感謝水利會協助外，並協調在不影響下游農民用水權益的前提下，透過灌區輪灌以及延後灌溉等方式加強節水灌溉，剩餘水量部分則引入南化水庫蓄存，俾利於明顯降雨前能機動引水以增加南化水庫進水量，幫助疏緩並減輕台南地區旱象。
南水局黃世偉局長表示，目前南化水庫蓄水量為2135萬噸（蓄水率22.8％），將持續與高雄農田水利會緊密聯繫，掌握午後雷陣雨或者短暫區域降雨的機會，將珍貴河川水資源機動且有效的引入南化水庫蓄存，並持續作好水情監控與水源調度，以6月底前不進入三階限水為管控目標努力。