行政院發言人徐國勇今（ 29 ）日證實，教育部長吳茂昆於上周六（ 26 日）下午口頭請辭，行政院長賴清德已准辭，吳茂昆成為史上任期最短的教育部長。消息一出，台大自主聯盟立刻在臉書發文詢問「連吳茂昆都跑了！賴院長可以還我校長了沒啊？讓我們來看，一個管爺可以抵幾個教育部長？」
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吳茂昆上任以來風波不斷，不但涉專利移轉、赴陸講學爭議，還要處理棘手的台大校長遴選管中閔人事案。據美麗島電子報近日所做的民調顯示，吳茂昆信任度僅 12.6％ ，連民進黨支持者對他的不信任度也高於信任。吳茂昆從 4 月 20 日就任至今僅 40 天，被封為「史上最短命教育部長」。
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對於吳茂昆火速下台，網友紛紛調侃：「要跑路了嗎？應該還有太多黑幕怕被爆」、「終於走了 聖人部長 天佑台灣」、「大快人心」、「史上最短命教育部長！這個一定要列入史冊，笑他一輩子！」「 人才就這樣殞落了」、「死好！」
不過也有網友認為案情並不單純：「任務完成，升官了！」「應該是為了選舉考量，被上面逼退的」、「功成身退？一個扯爛吳配一個管中閔，民進黨贏了，台大輸了，大學自主輸了，台灣輸了，共匪笑了。期待聽徐國勇怎麼拗」、「 等著接院長....」