「拔管案」持續延燒，台大師生及校友也紛紛針對拔管事件表達意見。高雄市長參選人，本身也是台大校友的吳益政表示，教育部不應該以政治力介入大學自治。他指出，如果真的對台大校長遴選有疑義，應該交由監察院或司法機關審理，而不是教育部自行擴權卡管，「這樣的做法，和黨產會跳過司法機關，逕自認定黨產問題、也和當年馬英九擴權，直接指揮檢察總長及特偵組，犯了一樣的錯。」
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吳益政認為，拔管案的爭議，應該分成兩個層面來討論。第一是政府的擴權、濫權。既然台大依據大學法，經由校務會議和遴選委員會選出了校長人選。教育部就應該承認台大選出的校長，不應想方設法阻擋，這樣才符合大學獨立運作、大學自治的精神。至於選出的校長是否適任，遴選過程有無瑕疵，應該事後再提出申訴，經由司法院或監察院審理，如果確認有問題，到時再依據審理結果免除其校長職務。第二是大學校長遴選機制的檢討。自從開放大專院校自行遴選校長以來，爭議風波不斷，顯見校長遴選還有很大的改進空間。以這次管中閔案為例，從校務會議未能有效針對爭議做出討論、遴選委員會成員未經會議通過擅自對外發言，乃至長期以來校內派系綁樁、漠視學生意見等問題，應該去釐清哪些是個人因素、哪些是結構問題，並討論個人因素如何究責、結構問題如何改善。
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「但無論哪一個層面的討論，都不構成教育部現在卡管、拔管的正當理由。」吳益政強調。
被問到對於「文化大學畢業沒資格擔任台大校長」發言的看法，吳益政說，要當台大校長有很多重要特質，但出身什麼學校從來不是一個必要的條件。國外很多名校在校長遴選之前會先討論學校現在需要怎樣的領導人，同樣的大家也應該思考，什麼樣的人可以帶領台大面對中國大陸的崛起和國際的競爭，用創新、叛逆的精神開創不同的格局。