教育部長吳茂昆今（29）日語出驚人的說，「學術沒有真正的民主」，引起一片譁然，他稍後對此解釋，學術界很多事情，包括個人升等、選校長等等，是不適合投票的，更稱台灣的校長遴選，真的要好好重新檢討，用民粹的方法是「走偏了」，近年國內各大學校長案紛紛擾擾，「不是每個案子都非常順利，跟這個關係有關」。
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吳茂昆表示，全世界的大學遴選校長時，從來沒有把候選人的名字列出來，舉例來說，假如他現在找台積電總經理來當台大校長，不可能會事前曝光名字，只能等到結果確定後，才公布消息，並告知台積電自己要去當校長。他強調，這個例子完全是假設性的，但傳達一個清楚的觀念，台大如果真的要找一位合適的人來帶領，怎麼可以把名字曝光？「在這種架構下，他絕對不會來選校長，這就是學術非常重要的基本觀念。
吳茂昆指出，在教育部辦法裡頭，也清楚明訂大學校長遴選不是選舉，但是很多學校認為以大學自治的思維，認為應該由大學自己去做決定，「就用比較民粹的方式去選舉，這個是走偏了」，也造成國內這幾年來大學校長遴選案各種紛紛擾擾，每個案子都沒進行的很順利。
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談到學術誠信問題，吳茂昆說，台大有二階段遴選，需先經過校務會議，再到遴選委員會投票，最後將結果送到教育部，一開始台大有做過這些程序，但後來爭議出現後，「難道不需要再經過校務會議？這是台大自己訂的辦法，我認為台大違背自己辦法的基本誠信。」
吳茂昆認為，大學真的要自治沒錯，但有一個很根本的原則，就是對學術的基本要尊重，學術的誠信要維護，但台灣已經有點慢慢把這個東西忘掉了。