教育部 27 日晚間確定「卡管」，下令台大重啟遴選機制，選出新校長，對此，台大發出聲明表示，「完全無法接受，深表遺憾」，更痛批政治力介入拖延新校長上任，導致台大校務延宕，戕害大學自治，「所有紀錄將在高教歷史上永遠留存」。
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以下為台大聲明全文：
台大校長遴選委員會在遴選過程中，依法行事，克盡職責，戒慎遵守各項「迴避原則」及「利益衝突」規範，對於他人所加諸本委員會之「重大行政瑕疵」指控，完全無法接受，並深表遺憾。
根據「台大校長遴選委員會作業細則」第 9 條迴避規定，遴委會原訂草案為「…或有具體事實足認其執行職務有偏頗之虞者，候選人得向本會舉其原因及事實，或由本會委員主動提議，經本會議決後，解除委員職務」。經教育部發函指示，上述草案中的「或由本會委員主動提議」等字與規定不符應予刪除。
教育部之指示使本會遴選委員不具有請求其他委員迴避之機制，如今教育部指控本會違反迴避原則而有行政瑕疵，本會實不明白其道理何在？
本遴選委員會由 21 名委員組成，其中學校代表 9 名，校友代表及社會公正人士 9 名，其餘 3 名由教育部指派。本委員會自成立以來，共召開5次會議（其中第 5 次會議係於今年 1 月 31 日依教育部要求而加開）。其間依法完成「公開徵求接受推薦」、「舉辦公聽會」、「訪談候選人之相關人士」、「舉辦治校理念說明會」及「辦理候選人面談」，於 1 月 5 日經由兩輪投票，選出管中閔教授為校長當選人，並於 1 月 31 日加開之第 5 次會議中再次確認「遴選過程並無疑義」。
台大遴選委員會作業細則第九條規定如下:
「有下列情形之一者，經本會確認後，解除其職務：
（1）因故無法參與遴選作業。
（2）與候選人有配偶、三親等內之血親或姻親或曾有此關係者。
（3）有學位論文指導之師生關係。
本會委員有前項不得擔任委員之事由而繼續擔任，或有具體事實足認其執行職務有偏頗之虞者，候選人得向本會舉其原因及事實，經本會議決後，解除委員職務。」
於遴選程序中，並無任何候選人向本會請求解除蔡明興委員之遴選委員職務，蔡明興委員亦不符合上述 3 種應當然解除職務之事由，因此蔡明興委員擔任遴選委員之資格並無問題。
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教育部指派之 3 位遴選委員有充份之機會參與遴選過程並表達意見，足見遴選程序並無疑義。
教育部已逾越百日，遲不發聘，其間更多次以「據報載」之公文，要求本委員會回覆，超出正理常規。政治力介入拖延新校長上任，導致台大校務延宕，戕害大學自治，所有紀錄將在高教歷史上永遠留存。