教育部長吳茂昆剛上任爭議不斷，接連被爆出至中國大陸授課與在任具有中國大陸官方色彩的企業擔任技術顧問，國民黨立委柯志恩今（23）日質詢時再度踢爆，吳茂昆在美國成立公司、將東華大學沒有技術轉移給吳茂昆的研發專利，被美國師沛恩公司拿去用，更到大陸申請專利，對此，吳茂昆答詢時竟稱是為了讓發明的專利能更好的被應用，「以我的認知，都是沒問題的」。
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立法院教育及文化委員會邀請他報告施政理念與政策，同時是他的首次備詢。被問及處女秀是否會緊張，吳茂昆指出，他會平常心面對，「做我該做的事情」。
不過長期關注教育方面的柯志恩，在質詢時，開門見山地問吳茂昆對於「卡管案」的立場，吳茂昆沒有正面回應，說明周三的諮詢會開完之後，才會再做定奪，對於管中閔赴陸兼職的法規適用以及定義，都沒有表明自己的立場。
柯志恩有備而來，直接調出照片，竟是吳茂昆在東華校長任內時在美國所設立的「師沛恩」公司，性質是一家生技研究的公司，公司的兩位負責人之一，赫然就是吳茂昆；柯志恩更強調，公司申請研發專利，但專利權明明就屬於東華大學，為何吳茂昆可以以「個人名義」去申請，且更在大陸繼續申請專利。
對此，吳茂昆解釋，他是專利發明人，有參與研究工作。他是以專利發明人的身分去申請，而這個專利權屬於東華大學。當初大家在發明專利時，希望這個發明有更好的應用，所以才會在美國設立公司，希望能在美國提出相關的專利。
不過柯志恩並不買帳，她直言，東華大學並沒有將發明的專利權技術轉移給吳茂昆，為何可以這樣做？依照《公務人員服務法》第13條，公務員不得經營商業或投機事業，專利權沒有技術轉移，在美國的專利卻變成了美國的「師沛恩」公司，所有該做的利益迴避等爭議全都無視。
柯志恩強調，不管吳茂昆對於管中閔案的立場為何，都希望不要有兩套標準，並要求吳茂昆對還在任職東華校長時在美設立公司，提出完整解釋，「相對於赴陸兼職，這才是重大瑕疵」。
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隨後民進黨立委張廖萬堅質詢時，吳茂昆重申，柯志恩質詢時他在美國設立公司與赴陸申請專利，「以我的認知，都是沒問題的」。