國民黨港湖區議員擬參選人游淑慧爆料，新任教育部長吳茂昆曾任大陸中科院顧問，對此重大爭議，吳茂昆今（17）日打破沉默，稱自己赴陸都是短期的學術演講交流活動，完全符合規定。
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吳茂昆表示，台灣中研院物理所和中國大陸中科院，自 2008 年起簽署合作協議，雙方研究人員彼此參與相關學術交流與活動，他與中科院的合作也就僅在學術的、短期的、演講交流等活動。
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吳茂昆指出，中科院部分年輕的研究員，確實曾希望他能在部分的計畫上給予更多諮詢，但他因時間安排及自己的研究規畫，並未參與後續相關會議，亦未答應任何職位。
吳茂昆強調，他赴陸都是短期的學術演講交流活動，中研院的研究員皆為公務人員，前往大陸必須事先申請。自己赴陸交流都符合規定。