教育部長潘文忠14日因卡管案請辭，行政院長賴清德勉予同意，並說新任教育部長任重而道遠，會盡快把人選確定，沒想到賴揆效率火速，只過了一天，就在今（16）日晚間6點臨時召開記者會，宣布由前東華大學校長吳茂昆新任教育部長，預計禮拜四做交接。
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賴清德15日與媒體早餐會時表示，大學校長在社會的地位崇高，特別是台大校長被國人敬重，但校長遴選發生爭議，但當事人管中閔不願意說明，遴選委員會也不願意解釋，甚至校務會議也不願意調查，社會又回歸到對立的氣氛，所以潘文忠想辭職明志，為未來大學校長的遴選，畫出一道符合社會期待的標準。
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賴清德說，教育部長任重而道遠，新任部長必須要有各方面的條件，解決台大校長遴選案，只是小事情，他不會把解決台大校長遴選案，作為新部長的條件，會盡快把人選確定，不要讓教育工作出現空檔。