行政院長賴清德今（14）日稍早前證實，教育部長潘文忠因為家庭因素，在周四請辭，行政院還在努力慰留，不過潘文忠隨後發表聲明，稱是因為卡管案而去職，與賴揆的說法不一，賴清德隨後表示，尊重潘文忠的決定，勉予同意，更稱這次台大校長遴選，是百年來問題最多的一次，希望事件能夠盡速落幕。
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賴清德表示，大學校長在社會地位崇高，台大校長更為國人所敬重，這次台大校長遴選問題重重，但當事人管中閔不願意說明，遴選委員會也不願意解釋，甚至校務會議也不願意調查。他非常清楚潘文忠的用心良苦。潘周四請辭時，特別提到不管他現在做出任何決定，恐怕社會都會有不同意見，因此願意用個人去職，為校長遴選畫出一道標準，以符合社會期待，並希望台大校長遴選爭議盡速落幕，期勉社會能夠支持他的決定，也支持未來新任部長的決定，不管最後結果如何，大家都能接受，讓爭議及早解決。
賴清德說，他個人尊重潘文忠的決定，他也肯定潘作為一個教育人，從師專畢業到擔任國小校長、老師，一直到教育部長，數十年來投身教育界，潘一定有他的使命，以及對教育的理念。潘文忠今天做出這個決定，用心良苦，希望社會支持，也希望管中閔提出解釋、說明，讓事件盡早落幕。
賴清德強調，在此之前，行政院都還在努力慰留，不過顯然潘文忠的決心已定，希望用他的去職，為未來大學校長的遴選，畫出一道符合社會要求的標準，這部分他必須尊重，也表達欽佩。原則上，他尊重潘文忠的決定，希望社會能夠體諒他的用心良苦。
★以下為潘文忠稍早前公布的請辭聲明：
各位親愛的同仁及各位媒體朋友，在此，我必須向各位報告，我已經在週四的行政院會後正式向賴院長提出辭呈。
從過去擔任教師、事務官到擔任教育部長，依法行政是我堅持的基本原則與立場，這也是在此次處理台大校長遴選案時，面對台大校長遴委會在這次遴選過程中的爭議與似是而非的模糊討論，即使該會做出其決議，但我仍堅持必須等具有實質投票推薦權的台大校務會議亦應針對這些爭議予以釐清。
然而，令人遺憾的是，做為台灣最高的學術單位，在應該要追求真相、真理的大學校院內，對於該校未來領導人所衍伸出的爭議，甚至可能是違法的事項，用「擱置」的會議決議來面對。
台大 106 年來自政府的預算高達 67.8 億元，台大師生人數超過了 3 萬 5 千人，如此的預算規模及人數，甚至是超越了某些行政機關。大學自治、學術自由，是我們堅守的信念，實踐這些信念必須在誠實、法治的基礎上，這也是社會各界對一個大學校長基本且重要的期許。做為一個教育工作者，誠實信用、遵守政府法治是教育下一代的重要基礎和價值。台大校長動見觀瞻，相信社會各界都會以高標準來衡量。若是一個志在成為台大校長的人，無法向社會公開澄清自身行為所引起的爭議，相信這是難以贏得台大師生的認同。因為，台大是台灣的學術龍頭，台大校長更是引領台灣高等教育與學術發展的關鍵領航者。
台大校長一職懸缺至今，究其根本是因為學術倫理案重創台大以及台灣的學術形象，楊前校長也因此不再續任。而台大從輕忽學倫案的嚴重性、到後來在校長遴選過程中對相關疑義的模糊，教育部做為主管機關，如果不調查、不釐清，才是最嚴重的失職。而教育部為釐清爭議，要求台大及遴委會查明疑義，却經常遭到泛政治化的攻擊和污衊。另外，更以政治的操作徒增教育部同仁在行政及業務執行上的負擔與壓力。
我從來不會畏懼職務上帶來的各種挑戰，然而，我也無法否認，此次台大校長遴選案引發之爭議，確實已造成教育界的對立以及社會的紛擾。過去這段期間，我已經盡全力，希望在尊重大學自主與當選人種種爭議釐清之間做妥適的處理。不過，由於當選人選擇不對外界公開說明，任憑疑慮蔓延，這已經衝擊了社會對教育部以及台灣大學校長的期待。
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我意識到，如果我繼續留在這個位子，政治操作就不會停止。在幾經思考之後，我決定離開教育部長一職。我希望，所有的政治操作都能因我辭職而止，讓本案回歸到單純的校長遴選程序及當選人身份適格的討論。
我相信，對任何一位教育工作者來說 ，原則比職位更重要。我希望自己的辭職，換取台大校長遴選紛爭一個冷靜且重新釐清的機會。真心感謝所有教育部同仁在過去一段時間的協助，珍重再見