民進黨台南市長初選的裂痕是否修補完畢，引發外界質疑，民進黨立委陳亭妃 21 日出席中常會，在會中質疑黨中央偏袒黃偉哲，始終不處理台南市民的疑問，蔡英文總統兼黨主席在會中裁示，將黃偉哲團隊所涉及的三千萬元債務疑雲案件，送廉政會處理。
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黃偉哲辦公室主任涉入 3000 萬元債務糾紛案，曾在台南市長初選時期的 2 月 14 日，由同樣爭取黨內台南市長初選提名的陳亭妃、顏純左、李俊毅三人聯名具函，希望黨中央查明，但傳出民進黨督導小組拖到 3 月 2 日才駁回此案，並表示案件內容不是選舉對策委員會處理的範疇。
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陳亭妃在中常會上表示，3 月 2 日才駁回此案，3 月 7 日就實施電話初選民調，隔日宣布結果，時間未免太奇怪。
在陳亭妃的據理力爭下，蔡英文主席在中常會上要求選對會對於檢舉案件都該調查，不能查到最後沒有結果，即使不是隸屬選對會的業務，也應該交給權責單位處理。在蔡英文的裁示下，全案最後送交廉政會調查。