交通部有意提高權利金，被視為桃園機場第二航廈C、D區免稅店招標案遲未公告的主因。為何交通部要漲業者的權利金？究竟該不該漲？各方立場與說法不一，也讓桃機公司很頭痛。
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2016年桃園機場服務旅客量達2334萬人次，幾乎等於全台灣人口數，且年增率將近10%，預計今年底二航廈擴建完工後還能再增加500萬人次。業者推估，航廈免稅店的年營業額達百億規模，甚至有人喊出每年上看300億元。
由於這次招標案將給予廠商12年營運期，績效良好還可續約1次3年，得標業者最長可經營15年，創造出的營業額最少有1500億，多則可能上看4000億，因此吸引眾多業者關注，也衍生出權利金爭議。
事實上，該招標方式採促參案ROT（整建、營運、移轉）辦理，交通部官派董事主張，業者每年有上百億元營業額，在扣除投資承諾與設施維護費用後，應該要大幅調高權利金收取，提議至少要從每月1億元提高到2.6億元。
此外，目前台灣二航廈免稅店權利金抽成為18%至19%，低於臨近國家（如北京機場51%、香港47%、日本羽田25%到31%）。因此交通部才會考慮提高權利金。而官方還要求市區預售中心，要比照機場免稅店，收取營業額1.5%權利金，如果拍板定案，15年營業期間，業者將多支付1000億元。
這種調整方式不只遭到業者反對，財政部甚至發文表示違反規定。
財政部促參司表示，市區的免稅店預售中心不在機場內，但預售中心在機場設置的提貨處櫃台已收過權利金，桃機如果再收權利金將損及合法廠商權益。
業者更表示，近一年來陸客來台人數銳減百萬，免稅店營業額明顯下降，經營者除了負責商店營運外，平時還要管理維護機場硬體設施，包括旅客服中心、育嬰室、親子遊戲互動區、祈禱室、旅客景觀歇憩區、廁所，甚至還要配合桃機舉辦各種宣導活動，甚至購置行李推車，並沒有想像中容易獲利。
此外，未來二航廈將分期分階段整修，預估時間36個月，航班將移到2021年完工的第三航廈，這也將影響客流和免稅店的營業額估算。
更有業者私下分析，免稅店對世界情勢敏感度很高，無論是戰爭、疫情、天災、經濟動盪，就連之前中國大陸祭出禁韓令這種國際情勢緊張，都會影響業者收入，讓營業額「懸崖式」銳減。
一位機場工作人員就形容，目前昇恆昌與采盟為了履行合約，額外做了很多免費服務，包括電動按摩椅、免費淋浴間等，都是業者無償提供，甚至還出資與政府合作宣傳世大運，就連之前機場大淹水，桃機公司都曾找上門，希望免稅店業主動協助處理善後，當然，這些都不在合約範圍內。
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專家表示，ROT促參模式導致業者必需負擔機場管制區內的公共服務與設施，環境維護與服務人力也都靠標廠商負責，業者不但要靠採購優勢降低成本，人力資源投資、倉儲物流管理、行銷推廣都要自立自強，經營難度並不低。
立委鄭寶清也曾表示，政府應該在參考各國案例的同時，也要兼顧業者競爭力與政府營收考量，不能殺雞取卵、漫天喊價。否則國內業者無法負擔成本，最後會將市場拱手讓給外資賺走，最後甚至導致業者將成本轉嫁給消費者，將造成「多輸」局面。