有關媒體指慶富案與前總統馬英九有關一事，馬英九辦公室發言人徐巧芯今（1）日表示，馬英九與本案毫無關聯，相關傳聞若有具體事證，歡迎向檢調檢舉，否則不應以訛傳訛，抹黑馬英九。行政院長賴清德宣示將對此案全面徹查，馬英九亦肯定蔡政府的查弊決心，也呼籲絕對要徹查到底。
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外傳，慶富造船承攬的獵雷艦，原本不是海軍的優先採購案。馬英九競選連任期間，採用台灣造船工會建議，將6艘獵雷艦列為優先需求，最後由馬英九做決策，在海軍司令董翔龍任內，將獵雷艦列為優先採購。而慶富董事長陳慶男原本政治傾向偏綠，卻在當時不斷向藍營靠攏，更將慶富總部2樓的辦公室，提供給馬英九作為產業政策競選辦公室。
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同時，慶富在2014年抽籤搶下獵雷艦案後，由於資本額不足，先後向兆豐、台灣銀行、合作金庫洽詢都碰壁，因此陳慶男在2015年寫信給馬英九陳情，希望政府能夠解決貸款的困難，這封信成為慶富得以逆轉獲得大筆聯貸的關鍵轉折。
徐巧芯表示，總統府處理陳情案都有相關規定，歡迎向總統府洽詢。政院調查小組的質疑若有憑有據，也歡迎點名並提出具體事證，不要用匿名指涉方式意圖混淆視聽。