為避免財團法人成為避稅工具，財政部提出稅改的所得稅法修正案中，刪除財團法人等機關、團體股利不計入所得稅課稅相關條文，不過，立委質疑財團法人仍可利用其他免稅規定來避稅，財政部長許虞哲表示，這次稅改也會併同檢討財團法人股利所得免稅規定，新制正式實施後，財團法人的股利所得將不再享有當然免稅的優惠。
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時代力量立委黃國昌日前質詢時指出，長庚醫院財團法人 2016 年醫務收入 591.74 億元，扣除成本費用後，醫務利益僅 3.21 億元，但基金投資有 2952 億元、股利所得高達 114.17 億元，且所得稅法第 42 條規定，財團法人股利所得可不計入所得額課徵所得稅，等於其應納稅額是零，質疑長庚醫院早已成台塑集團的控股中心。
雖然行政院版本稅改上周通過，其中股利所得稅制取消兩稅合一設算扣抵，改為合併綜所稅申報、但給予上限8萬元的抵減稅額，或採分離課稅、單一稅率 26% 的二擇一制。另外，這次稅改也刪除所得稅法第 42 條中，財團法人投資營利事業獲配股利可免計入所得課稅的規定。
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不過，即便財政部刪除所得稅法第 42 條，黃國昌認為，對於財團法人不屬於銷售貨物或勞務以外的所得，「教育文化公益慈善機關或團體免納所得稅適用標準」中有訂出9項要件，只要同時符合這9項要件，仍可以免徵所得稅，因此，若財政部不檢討這9項要件，未來就算股利所得被視為「非銷售勞務收入」，還是可以用該標準來規畫免稅，避稅漏洞還是在。
許虞哲則指出，除了刪除所得稅法第 42 條外，賦稅署目前也在檢討相關免稅標準，修正之後將會報請行政院審查，預期與稅改時程一同上路。他也提到，機關團體免稅標準中，有一項是創設目的支出占當年度收入比率，從原先 80% 降至目前的 60%，有其歷史背景因素，但財政部已在檢討並研議修正，而且財團法人的資金管制不能只仰賴稅，主管機關也要把關，因此檢討時也會擬具意見，徵詢主管機關看法。