鼓勵性騷擾？有高鐵員工向媒體投訴，指出一名男主管長期對女員工及承包商員工伸手摟肩、摸腿，刻意有肢體碰觸，據悉受害者超過 10 人，有員工幾度反映此事卻疑遭吃案，導致其它受害者只得忍耐，甚至有多名員工因而離職，直至最近有承包商女員工受害才出面正式申訴。對此，高鐵也已作出回應。
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據《蘋果》報導，投訴人指出，因男主管掌握 2 千多名員工升遷，曾有女員工在遭性騷後向上反映，卻因官官相護而被吃案，且該員工從此未再能升遷，其它受害者也不敢再說，只得匿名寫信給高鐵高層卻仍未被處理。據投訴人所知，同棟大樓中包含她在內就有至少 6 人受害，另有 3 至 4 人因受不了性騷而離職，更有員工自 20 幾歲工作至 30 多歲都遭性騷。
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直至最近，因有承包商女員工也遭到男主管性騷，透過正式申訴管道向高鐵申訴，高鐵才受理此案。但因多次反映遭性騷皆未被處理，投訴人與其它受害員工也擔心此次會不了了之，深怕之後不知又得被摸多久，更質疑高鐵都肯受理員工被客人性騷的案件，當性騷對象換成主管時卻遲不受理，難道是在包庇或鼓勵性騷擾嗎？
對此，高鐵公司表示，在八月下旬接獲申訴後即依公司程序展開調查，後續將召開「性騷擾事件申訴審議委員會」，雖該名被指控性騷的男主管已主動辭職生效，但經審議若確認申訴事實成立，將立即召開「懲處審議委員會」按程序懲處。同時，高鐵也強調，提供兩性平權、讓員工安心工作的職場環境，始終為公司堅定奉行之價值理念，對於本起事件深表遺憾，會依公司既有機制、程序完成調查與懲處，而未來也將持續對全體同仁教育宣導，防杜類似事件再次發生。