6月1日至6月3日豪雨，造成雲林縣各鄉鎮市淹水嚴重，並造成農作物損害。截至6月3日下午16時統計，雲林縣農作物受害總面積838.24公頃，平均損害程度11%，換算無收獲面積94.92公頃，損失金額初估約999萬元。受害較嚴重的作物有落花生浸水240公頃（損害程度9%）；一期水稻浸水、倒伏281公頃（損害程度13%）；短期葉菜類水傷138公頃（損害程度15%）；食用玉米倒伏98.62公頃（損害程度12%）。
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畜產部分，斗南、二崙、元長、褒忠等4個鄉鎮5場養禽場災損，損失計有色肉雞47,700隻，損失金額約189萬2,000元、鵝2,800隻，損失金額約84萬元，合計273萬2,000元。另尚有虎尾、大埤、土庫、崙背、褒忠等鄉鎮8場養禽場有災情，估計總在養數量約66,500隻，因積水未退，待水退後前往勘查。
農業處處長張世忠表示，雨勢來得快積水退的也快，但是部分排水不易的地區仍有作物還浸在水裡。目前農業處仍陸續彙整統計公所報來的災情資料，也呼籲農民朋友，若作物出現災損等情形，請立即向所在地公所通報，以利公所了解現況，並彙整資料報送縣府，辦理後續農業天然災害相關作業。