梅姬颱風打亂台灣空中交通，絕大多數航班受到影響，各家航空公司都希望在最快時間輸運旅客。
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中華航空表示，受梅姬颱風後續影響，桃園機場今日航班擁擠，桃機已啟動大量航班疏運作業，加以航管實施空中流量管制，中華航空返台班機多有延誤，亦有接飛航班延遲起飛情形，本公司正全力疏運旅客，敬請旅客耐心諒解。
28日航班異動情形如下（皆為當地時間）:
CI130 桃園-札幌延至9/28 12:40 起飛
CI152 桃園-大阪延至9/28 13:00 起飛
CI531 桃園-青島延至9/28 11:00起飛
CI731桃園-檳城延至 9/28 15:50起飛
AE989 桃園-寧波延至9/28 18:00起飛
CI641桃園-香港延至9/28 11:55起飛
AE993 桃園-鄭州延至9/28 17:30起飛
AE991/992 桃園-廈門往返航班取消
CI7868/7867 香港-台南往返航班延至 9/28 13:20/15:40 起飛
AE995/996 高雄-杭州往返航班延至 9/28 11:00/14:05 起飛
CI947/948 高雄-香港往返航班取消
CI711/712 高雄-馬尼拉往返航班延至 9/28 10:50/13:20起飛
CI102/103 高雄-東京往返航班延至 9/28 15:25/20:40 起飛
CI301/300北高接駁機延至 9/28 09:05/10:50 起飛
AE981 高雄-香港延至9/28 11:00起飛
華信航空表示，受梅姬颱風影響，華信航空今〈28〉日航班異動如下
國內航線：
金門尚在颱風範圍，全天航班取消。
高雄-花蓮取消。
其餘國內航線15:00前取消，15:30後視天候狀況陸續恢復正常。
國際航線、兩岸航線：
15:00前國際/兩岸航線全部取消。
15:00後，除台中-香港AE1831/1832取消外，其餘國際航線視天候狀況陸續恢復正常。
長榮航空表示，受颱風影響，本公司9月27日及28日取消以下航班。其它航班異動情況，請查詢本網站之班機實際到離，並利用班機到離簡訊提醒服務取得最新航班消息。
9月28日取消航班：
（9月28日 03:21 更新）
BR835/BR836高雄（KHH）往返澳門（MFM）
B7276/B7275高雄（KHH）往返福州（FOC）
B7511/B7512 台北松山（TSA）往返廈門（XMN）
BR112/BR113 台北桃園（TPE）往返沖繩（OKA）
BR130/BR129 台北桃園（TPE）往返大阪（KIX）
BR867/BR868 台北桃園（TPE）往返香港（HKG）
BR397/BR398 台北桃園（TPE）往返河內（HAN）
BR277/BR278 台北桃園（TPE）往返馬尼拉（MNL）
（9月28日 01:00 更新）
BR11 洛杉磯（LAX） - 台北桃園（TPE）
BR17 舊金山（SFO） - 台北桃園（TPE）
（9月27日 19:50 更新）
BR215/BR216 台北桃園（TPE）往返新加坡（SIN）
（9月27日 18:40 更新）
BR108/BR107 高雄（KHH）往返東京成田（NRT）
BR182/BR181 高雄（KHH）往返大阪（KIX）
（9月27日 15:40 更新）
BR189 東京羽田（HND） - 台北松山（TSA）
BR381/BB382 台北桃園（TPE）往返胡志明市（SGN）
（9月28日 01:00 更新）
BR12 台北桃園（TPE） - 洛杉磯（LAX）
BR18 台北桃園（TPE） - 舊金山（SFO）
（9月27日 19:50 更新）
BR215/BR216 台北桃園（TPE）往返新加坡（SIN）
（9月27日 18:40 更新）
BR108/BR107 高雄（KHH）往返東京成田（NRT）
BR182/BR181 高雄（KHH）往返大阪（KIX）
（9月27日 15:40 更新）
BR189 東京羽田（HND） - 台北松山（TSA）
BR381/BB382 台北桃園（TPE）往返胡志明市（SGN）
國泰航空表示，颱風鮎魚（梅姬）經已登陸福建，往來福州航班受到延誤。往來溫州航班則維持正常運作。
航班取消：
9月28日由廈門至香港:
KA617 / CX5617
9月28日由仁川至台北:
CX421 / KA5421
9月28日由大阪至台北:
CX565 / KA5565
9月28日由福岡至台北:
CX511 / KA5511
9月28日由香港至高雄:
KA452 / CX5452
9月28日由高雄至香港:
KA453 / CX5453
航班延誤：
9月28日由高雄至香港:
KA451 / CX5451
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9月28日由台中至香港:
KA495 / CX5495