受到颱風梅姬的影響，交通部航港局應變小組表示，26日已有10航線停航，共計37班次，27日離島及小三通航線全部停航，共停航115班次。
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26日各航線停航訊息，共有10航線停航，計37班次：
（一）北部及馬祖地區
1.基隆—馬祖：停2班次。
2.南竿—馬尾：停1班次。
3.北竿白沙—福州黃岐：停2班次。
4.南竿—東引：停1班次。
（二）中部及金門地區
1.金門—五通：停2班次。
（三）南部及澎湖地區
1.東港—小琉球：停8班次。
2.後壁湖—蘭嶼：停2班次。
3.布袋—馬公：停6班次。
4.高雄—馬公：停1班次。
（四）東部地區
1.富岡—綠島：停12班次。
明（27）日離島及小三通航線全部停航，共停航115班次，情形如下：
（一）北部及馬祖地區
1.基隆—馬祖：停航2班次。
2.馬祖—馬尾：停航2班次。
3.南竿—莒光：停航6班次。
4.南竿—北竿：停航22班次。
5.南竿—東引：停航1班次。
6.北竿白沙—福州黃岐：停航4班次。
7.南竿福澳—福州馬尾：停航2班次。
8.大麥嶼—基隆：停航1班次。
9.臺北—平潭：停航2班次。
（二）中部及金門地區
1.金門—石井：停航4班次。
2.金門—五通：停航20班次。
（三）南部及澎湖地區
1.東港—小琉球：停航40班次。
2.布袋—馬公：停航4班次。
3.高雄—馬公：停航1次。
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（四）東部地區
1.富岡—綠島：停航4班次。