行政院副院長林錫耀23日在行政院會中，要求對近期桃園機場淹水、華航罷工、花蓮鐵軌維修不當等問題，究責交通部等單位，並且說出重話。林錫耀表示，「不管是桃機或鐵路局，過去隱藏了不少積弊，有很多問題存在，希望交通部針對後續檢討改善，不可放鬆。」
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林錫耀表示，桃園機場發生大淹水，追究原因，是機場的經營者沒有盡到應盡的責任，所以我們認為這是嚴重的失職，應在兩三天內趕快撤換董事長、總經理，我們也要把造成機場這些缺失的原因徹底檢討，把它找出來，檢討期限也快到了，必須請吳宏謀政委繼續對機場過去有哪些積弊及管理不當，檢討提出改善，機場淹水去視察時，大家都說國門變國恥，政府宣示絕對不能再犯。
華航罷工事件方面，林錫耀指出，前2天交通部所屬單位華航又通過罷工，520之後先是機師，現在又是空服員，為什麼這時候會採取這麼大的抗爭，所以行政院緊急提出新任董事長的人選，希望儘速協調與處理，過去應該有很多問題。
至於花蓮因為鐵軌維修不佳問題，列車出軌事件，林錫耀表示，昨天花蓮鐵路第2次出軌，原因也不詳，對外說法是溫度太高，他不太相信鐵軌設計沒將氣溫因素納入考量，溫度再高，軌道也不會因為溫度因素出問題，導致火車出軌。
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他指出，自520以來已經發生2次，不管是桃機或鐵路局，過去隱藏了不少積弊，有很多問題存在，希望交通部針對後續檢討改善，不可放鬆，除該究責或撤換人員外，還應該把問題及導致問題的原因找出來，請交通部能確實針砭缺失。
最後林錫耀也回批前行政院長毛治國在媒體上的評論，他表示，「今天媒體有報導前行政院長、當過5年交通部長的毛治國先生的評論，但為何這些缺失跟毛前院長都沒關係，針對毛前院長的評論深感遺憾。」